पथरी के लक्षणों में मुख्यत : नाभि, बस्ति, सिवनी में अत्यंत तीव्र पीड़ा की अनुभूति होती है। रोगी दर्द से कराहता है। पेशाब करते वक्त बीच में रुक जाना, कभी-कभी पेशाब के साथ रक्त आना, उल्टी, बुखार, दर्द सहन करते-करते रोगी थक जाता है, पेशाब में जलन व दर्द कमर से मूत्रेन्द्रिय तक आना, कभी-कभी दर्द अचानक कम हो जाता है इसका कारण अश्मरी का मूत्रमार्ग से हट जाना है, मूत्र कुछ मटमैला होता है।

किडनी में उपस्थित पथरी तब तक कोई लक्षण उत्पन्न नहीं करती जब तक वह अपनी जगह से सरक नहीं जाती। केवल किडनी के स्थान पर भारीपन महसूस होता है जबकि भागने, कूदने, उछलने, नाचने, दौड़ने, गाड़ी चलाने, उबड़खाबड़ जगहों पर चलने, मलत्याग के पश्चात पथरी अपनी जगह से सरक जाती है तब दर्द बढ़ जाता है। इसके कारण पेट के किनारे व पीठ में दर्द होता है। दर्द, खिंचाव तथा तनाव की तरह होता है। यह दर्द कभी-कभी जांघों तक या लिंग के अग्रभाग तक होता है। यदि पथरी खुरदुरी हो तो यह दर्द इतना तेज होता है कि रुग्ण दर्द के मारे विचलित होकर, जमीन पर लोटने लगता है। कभी-कभी पेशाब भी रुक जाता है। दर्द का दौरा 6-8 घंटे लगातार चलता रहता है। मूत्र में संक्रमण के कारण ठंड लगकर बुखार आना, पेशाब में जलन व रुक-रुक कर आना, मूत्र त्याग की तीव्र इच्छा या मूत्र में पस या खून आना इत्यादि लक्षण मिलते हैं। पथरी किडनी स्थित नेफ्रोन्स (Nephrons) व ग्लोमेरुल्स (Glomerulus) में एक जगह पड़ी रहे तो कभी-कभी वहां घाव हो जाता है। पथरी गुर्दे से सरक कर मूत्र नली के रास्ते में कहीं अटक जाए तो मूत्र मार्ग को बंद कर देती है। जिससे पेशाब रुक जाता है व उस ओर का गुर्दा खराब हो सकता है।

मूत्र नलिका की पथरी उसके मुख पर फंस जाती है, जिससे पेशाब रुक जाता है। पेशाब रुकने से उस ओर का गुर्दा खराब होने लगता है।

मूत्राशय में पथरी (वेसीकल कैल्क्युलस) होने पर रात को रुग्ण को बार-बार पेशाब के लिए उठना पड़ता है तथा पूर्ण पेशाब नहीं हुआ ऐसा अहसास होता है, दर्द अक्सर मूत्र त्याग के अंत में होता है। शारीरिक श्रम की अधिकता के कारण दर्द बढ़ता है। नाभि के अधोभाग में दबाने से दर्द बढ़ता है। लिंग के अग्रभाग को दबाने से दर्द बढ़ता है। कभी-कभी पेशाब के अंत में 2-3 बूंद खून की भी निकलती हैं। पेशाब आते-आते ही बीच में रुक जाता है। कभी-कभी पेशाब पूरी तरह रुक जाता है। यह पेशाब का पूरी तरह रुकना तब होता है जब पथरी मूत्र मार्ग में आकर फंस जाती है व मूत्र के निकलने का रास्ता रोक देती है। मूत्राशय के ऊपर (नाभि के नीचे) पेट फूल जाता है।

कुछ पथरी के रुग्णों में किसी प्रकार का दर्द इत्यादि लक्षण नहीं होता है। यह पथरी अंदर ही अंदर धीरे-धीरे किडनी को नष्ट करती जाती है और रुग्ण में लक्षण तब पता चलते हैं जब किडनी पूरी तरह काम करना बंद कर देती है।